개인 CSO로 시작하기 - 개인사업자 등록부터 세금, 법인 전환까지

제약 영업 하시던 분이 혼자 독립할 때, 개인사업자로 시작해도 되는지부터 정리했습니다

제약 영업을 하시던 분들이 독립을 생각하실 때 처음 막히는 건 두 가지입니다. 하나는 "개인으로 시작해도 되나, 법인을 내야 하나"이고, 다른 하나는 "그래서 뭘 어디에 내야 하나"입니다.

두 번째는 검색하면 어느 정도 나옵니다. 그런데 첫 번째를 정리해 주는 글은 잘 없습니다. 그래서 일단 사업자등록부터 해놓고, 나중에 업종코드나 과세유형 때문에 다시 세무서를 찾는 경우가 생깁니다.

이 글은 개인사업자로 CSO를 시작하는 경우를 기준으로 판단 → 등록 → 신고 → 세금 순서로 정리했습니다.

신고서와 점검표를 항목별로 어떻게 채우는지는 의약품 판촉영업자 신고서·점검표 작성법 글에서 서식 이미지와 함께 따로 다뤘습니다. 법인으로 시작하시는 분은 법인 CSO 설립 가이드를 보시면 됩니다.

▍개인으로 할까, 법인으로 할까

신고 절차 자체는 개인이든 법인이든 거의 같습니다. 갈리는 건 그 앞뒤, 그러니까 설립 비용과 세금입니다.

구분	개인사업자	법인
시작까지	당일 ~ 1일	등기 포함 1~2주
초기 비용	약 10만 원	위 비용 + 설립 등기 비용
소득에 붙는 세금	종합소득세 (누진)	법인세 + 대표 급여 소득세
번 돈 쓰기	사업소득이 곧 내 돈	급여·배당 절차 필요
신고 서류	대표자 본인 것만	등기사항증명서·법인인감 추가
진단서	1장	대표자가 여러 명이면 각각
정리·전환	간단	청산 절차 필요

정리하면 이렇습니다.

혼자, 수수료 규모가 아직 크지 않게 시작한다→ 개인사업자로 충분합니다. 비용이 거의 안 들고 그만두기도 쉽습니다.

수수료 규모가 커져서 종합소득세 부담이 눈에 띄게 늘었다→ 법인 전환을 검토할 시점입니다.

직원을 쓰거나 다른 사람과 동업할 계획이다→ 처음부터 법인이 편합니다.

그리고 하나 더. 거래하려는 제약사가 법인만 받는지 먼저 확인하세요. 이건 회사마다 다릅니다. 개인으로 등록해 놓고 정작 계약이 안 되는 경우가 실제로 있습니다.

전환 시점 판단은 수수료 예상 규모를 놓고 세무사와 한 번 상의해 보시는 걸 권합니다. 숫자에 따라 답이 갈립니다.

▍전체 흐름부터 보겠습니다

개인으로 가기로 하셨다면 순서는 이렇습니다.

사업자등록 → 확인증 발급 → 보건소 신고 → 신고증 수령 → 신규교육 24시간 → 위탁계약

단계	하는 일	걸리는 시간
STEP 1	사업자등록 (업종·과세유형·주소 확정)	반나절
STEP 2	확인증 발급 (협회 2시간 동영상)	1일
STEP 3	관할 보건소 신고 (서류 6종 + 1만 원)	방문 1회
STEP 4	신고증 수령	약 3일
STEP 5	신규교육 24시간 + 수료증 제출	3개월 이내
STEP 6	제약사 위탁계약	—

여기서 가장 중요한 건 확인증을 보건소보다 먼저 받아야 한다는 점입니다.

사업자등록만 하고 바로 보건소에 가시면 접수가 안 됩니다. 신고할 때 한국제약바이오협회에서 발급한 확인증을 가져가야 하는데, 이 확인증을 받으려면 2시간짜리 동영상을 봐야 해서 당일에 해결할 수가 없습니다.

▍STEP 1. 사업자등록 — 개인은 여기서 정할 게 세 가지

세무서에 직접 가시거나 홈택스에서 온라인으로 하실 수 있습니다. 절차 자체는 반나절이면 끝납니다. 다만 그 자리에서 정해야 하는 게 세 가지 있는데, 이걸 모르고 가시면 나중에 정정하러 다시 가게 됩니다.

① 업태와 종목을 뭘로 할 것인가

CSO는 의약품을 직접 사고파는 도매업이 아닙니다. 제약사의 판매촉진 업무를 위탁받아 수행하고 수수료를 받는 서비스업(판매대행·중개)에 가깝습니다.

도매업 코드로 등록하면 실제 하는 일과 맞지 않고, 업종코드에 따라 경비율과 신고 방식이 달라지기 때문에 나중에 종합소득세 신고에서 불리해질 수 있습니다.

정확한 코드는 사업 형태에 따라 갈립니다. 홈택스 업종코드 조회에서 '판매대행', '중개', '판촉'으로 검색해 보시고, 세무서 담당자에게 "의약품 판촉영업(CSO)을 할 것"이라고 그대로 말씀하신 뒤 코드를 확정하시는 게 안전합니다.

② 일반과세냐 간이과세냐

제약사와 거래하면 수수료를 청구할 때 세금계산서를 발행해야 합니다. 그런데 간이과세자는 매출 규모에 따라 세금계산서를 아예 발행하지 못하는 경우가 있습니다. 직전연도 공급대가가 4,800만 원 미만인 간이과세자는 세금계산서 발급 자격이 없고 영수증만 발급합니다.

거래처가 세금계산서를 요구하는데 발행이 안 되면 거래 자체가 성립하지 않습니다.

그래서 CSO는 처음부터 일반과세로 등록하는 경우가 대부분입니다. 세금을 조금 더 내더라도 매입세액 공제를 받을 수 있고, 무엇보다 거래에 지장이 없습니다.

참고로 2026년 7월 1일부터 적용되는 국세청 고시에 따라 사업장 위치와 업종에 따른 간이과세 배제기준도 함께 확인하셔야 합니다.

③ 사업장 주소를 어디로 할 것인가

CSO는 별도의 시설 기준이 없습니다. 사업자등록증은 영업소 소재지와 관할 소재지가 일치하는지 확인하는 용도로만 쓰입니다. 그래서 자택 주소로 등록하시는 분도 많습니다.

다만 두 가지를 같이 생각하셔야 합니다.

• 사업자등록증에 적힌 주소를 관할하는 보건소에 신고하게 됩니다. 자택으로 등록하면 집 주소지 보건소로 가시게 됩니다.

• 이사하면 사업자등록 정정과 판촉영업자 변경신고를 둘 다 해야 합니다.

그리고 하나 더

사업자등록과 의약품 판촉영업자 신고는 완전히 별개입니다.

사업자등록증이 나왔다고 CSO 활동을 할 수 있는 게 아닙니다. 사업자등록은 사업을 하기 위한 기본 절차일 뿐이고, CSO로 일하려면 그 위에 별도의 신고를 얹어야 합니다.

▍STEP 2. 한국제약바이오협회에서 '확인증' 받기

많이들 놓치는 단계입니다.

의약품 판촉영업자로 신고하려면 영업소 소재지가 있어야 하고, 보건복지부장관이 정하는 의약품 판촉영업에 필요한 사항에 관한 안내를 받아야 합니다. 이 안내는 한국제약바이오협회에 사업자등록증에 기재된 대표자명으로 회원가입한 뒤 관련 동영상을 시청하면 확인증으로 발급됩니다.

보건복지부 보도자료(2024.10.16.) — 신고 기준 두 가지가 여기에 나옵니다

절차는 이렇습니다.

1. kpbma-cpedu.com 접속 후 회원가입 — 반드시 사업자등록증에 적힌 대표자명으로

   가입하세요

2. 판촉영업 안내 과정 동영상 시청 (약 2시간)

   
   

3. 확인증 발급

이 확인증은 나중에 받는 24시간 신규교육과 완전히 다른 겁니다.

구분	확인증	신규교육
시점	신고 전	신고증 받은 후
시간	2시간 동영상	24시간 온라인 과정
비용	—	77,000원 수준
기한	보건소 가기 전	신고증 발급일부터 3개월 이내
이후	—	수료증을 1개월 이내 보건소 제출

이름이 비슷해서 같은 걸로 아시는 분이 많은데, 확인증은 신고를 하기 위한 조건이고 24시간 신규교육은 신고증을 받은 뒤에 따로 받는 겁니다. 둘 다 해야 합니다.

▍STEP 3. 서류 챙겨서 관할 보건소 방문

개인사업자 기준으로 챙길 서류는 이렇습니다.

준비할 것	메모
① 의약품 판촉영업자 신고서	약사법 시행규칙 별지 제23호의2 서식
② 신고 요건 점검표	별지 제23호의3 서식 · 체크만 하면 됨
③ 한국제약바이오협회 확인증	STEP 2에서 미리 발급
④ 의사 진단서	최근 3개월 이내 발급분
⑤ 사업자등록증 사본	영업소 소재지 확인용
⑥ 신분증과 도장	보건소에 따라 개인인감증명서 요구
수수료	10,000원 (변경신고는 5,000원)

정부24 민원안내 화면. 제출 서류가 법령 조문과 함께 그대로 나와 있습니다

신고서와 점검표를 항목별로 어떻게 채우는지는 서식 작성법 글에서 실제 서식 이미지와 함께 정리했습니다. 여기서는 개인사업자가 특히 챙길 것만 짚겠습니다.

개인이라 다른 점 세 가지

① 도장 — 개인인감이 필요할 수 있습니다

보건소에 따라 개인은 대표자 개인인감도장과 개인인감증명서를 요구하고, 대표자 본인이 방문하면 생략 가능하다고 안내하는 곳이 있습니다.

강남구보건소 공지사항. 개인과 법인의 도장 요건을 따로 안내하고 있습니다

대리인이 가는 경우에는 위임장과 신분증이 추가로 필요하니, 본인이 직접 가시는 게 가장 간단합니다.

② 진단서는 본인 것 하나면 됩니다

법인은 대표자가 여러 명이면 각각 받아야 하지만, 개인은 대표자가 한 명이니 한 장입니다.

정신질환자나 마약·대마·향정신성의약품 중독자에 해당하지 않는다는 내용이고 3개월 이내 발급분이어야 합니다. 병원 예약 일정을 미리 잡아두세요.

③ 점검표 ⑦번을 꼭 보세요

결격사유 마지막 항목이 의료기관 개설자 또는 약국개설자입니다. 병원이나 약국을 운영하시는 분은 CSO 신고를 할 수 없다는 뜻입니다. 하나라도 '해당'에 체크되면 반려됩니다.

서식은 어디서 받나요

관할 보건소 홈페이지 공지사항이나 정부24에서 한글 파일로 내려받을 수 있습니다. 국가법령정보센터에서 '약사법 시행규칙'을 검색한 뒤 별표·서식 탭에서도 받으실 수 있습니다.

미리 작성해서 가시면 접수가 훨씬 빠릅니다.

같은 신고인데 보건소마다 안내가 이렇게 다릅니다. 세종시는 행정정보 공동이용 사전동의서를

따로 요구합니다

보건소마다 요구 서류가 조금씩 다르고 접수 요일이나 시간을 정해둔 곳도 있습니다. 행정정보 공동이용 사전동의서를 따로 요구하는 곳도 있고요.

가시기 전에 관할 보건소에 전화 한 번 하시는 게 헛걸음을 줄이는 가장 확실한 방법입니다.

▍STEP 4. 신고증 받기

접수하면 신고증이 나옵니다.

정부24 기준 처리기간은 총 3일, 신청방법은 방문입니다

보건소에 따라 접수증을 먼저 주고 나중에 신고증을 발급하는 경우도 있으니 수령 방법을 접수할 때 확인해 두세요.

이 신고증 발급일이 다음 단계의 기준일이 됩니다. 날짜를 꼭 기억해 두세요.

▍STEP 5. 신규교육 24시간 이수하고 수료증 제출

신고증을 받았다고 끝이 아닙니다. 오히려 여기서부터 시간이 많이 듭니다.

협회 교육원 메인에 뜨는 공지. 순서를 어기면 교육이 인정되지 않는다고 못박고 있습니다

여기서 순서를 어기면 교육이 무효가 됩니다. 협회는 신고증 발급 이전에 수강한 신규교육은 인정하지 않는다고 공지하고 있습니다. 빨리 끝내려고 신고 전에 24시간을 들어두면 그 시간이 통째로 날아갑니다.

신고증 발급일부터 3개월 이내에 24시간의 신규교육을 받아야 합니다. 한국제약바이오협회에서 온라인으로 진행하고 수강료는 77,000원 수준입니다. 동영상을 보고 퀴즈를 푸는 방식입니다.

여기서 한 번 더 놓치기 쉬운 게 있습니다.

교육을 듣는 것만으로는 끝나지 않습니다. 수료증을 발급받은 날부터 1개월 이내에 관할 보건소에 제출까지 해야 합니다. 팩스나 이메일로 받는 곳도 있으니 제출 방법을 미리 확인해 두세요.

교육을 이수하지 않으면 과태료가 부과됩니다. 1차 50만 원, 2차 75만 원, 3차 100만 원입니다.

24시간이 짧지 않으니 신고증을 받는 그날 바로 교육을 신청해 두시는 걸 권합니다.

이후로는 매년 8시간의 보수교육을 받으시면 됩니다.

참고로 나중에 직원을 두시게 되면, 영업활동 종사자는 별도의 사업자 신고 없이 신규교육만 수강하면 된다고 협회는 안내하고 있습니다.

▍STEP 6. 제약사와 위탁계약 맺기

여기까지 오면 실제로 일을 시작할 수 있습니다.

계약서에 명확히 들어가야 할 항목은 담당 의약품, 업무 범위, 수수료, 계약기간, 준수사항입니다.

알아두실 점이 두 가지 있습니다.

계약서 보관 의무업무를 위탁한 의약품공급자는 위탁계약서를 5년간 보관해야 합니다. CSO 쪽에서도 관련 근거자료를 챙겨두는 게 안전합니다.

재위탁 시 서면 통보받은 판매촉진 업무를 다른 CSO에게 다시 맡기는 경우, 원래 업무를 위탁한 의약품공급자에게 서면으로 알려야 합니다. 이메일 같은 전자문서도 인정됩니다.

그리고 신고하지 않은 사람에게는 판매촉진 업무를 위탁할 수 없습니다. 제약사 입장에서도 마찬가지라, 거래 상대방이 신고를 마쳤는지 서로 확인하는 게 일반적입니다.

▍돈 이야기 — 개인 CSO의 세금

신고까지는 한 달이면 끝납니다. 오히려 그 뒤가 계속 갑니다.

수수료를 받을 때

제약사에 수수료를 청구하면서 세금계산서를 발행합니다. 그래서 앞에서 일반과세로 등록하시라고 말씀드린 겁니다.

수수료 정산 기준(처방 실적 기준일, 지급 시기)은 계약서에 명시된 대로 갑니다. 제약사가 보내주는 실적 자료와 내가 계산한 금액이 맞는지 매달 대조하는 습관을 들이세요. 몇 달 지나서 발견하면 되돌리기 어렵습니다.

1년에 챙길 것

시기	할 일	메모
1월	부가가치세 신고	직전 하반기분
5월	종합소득세 신고	전년도 사업소득
7월	부가가치세 신고	상반기분
7월 20일	경제적 이익 지출보고서 제출	심평원 KOPS · 개인 CSO도 대상
매년	보수교육 8시간	신규교육 이수 이후

경비 증빙 — 개인은 특히 중요합니다

법인은 법인카드로 쓰면 대부분 자동으로 정리됩니다. 개인은 사업용과 개인용이 섞이기 쉬워서 나중에 경비로 인정받지 못하는 경우가 많습니다.

사업용 계좌와 사업용 카드를 따로 만들어 등록하세요. 이것만 해도 절반은 해결됩니다.

차량 유류비, 통행료, 거래처 미팅 비용은 CSO 업무 특성상 비중이 큽니다. 증빙을 남기세요.

다만 경제적 이익 제공에 해당하는 지출은 경비 처리 이전에 약사법 문제입니다. 다음 항목을 보세요.

▍거래를 시작한 뒤 챙길 것

계약서 하나만 잘 보관한다고 되는 게 아닙니다.

지출보고서 — 개인 CSO도 대상입니다

이 부분이 CSO 업무에서 가장 민감합니다.

의약품 판촉영업자도 경제적 이익 지출보고서 작성·공개 대상에 포함됩니다. 활동 중인 판촉영업자는 매년 7월 20일까지 건강보험심사평가원에 전년도 지출보고서를 제출해야 합니다. 제출은 심평원 홈페이지 로그인 후 지출보고서 관리시스템(KOPS)을 통해 진행합니다.

혼자 일하시더라도 예외가 아닙니다. 1년치를 한꺼번에 정리하려고 하면 반드시 빠지는 게 생깁니다. 처음부터 기록하는 습관을 들이시는 게 나중에 훨씬 편합니다.

남겨야 할 것

• 영업활동 내역

• 수수료 정산자료

• 비용과 증빙자료

• 위탁계약서와 재위탁 통보 기록

자료마다 보관기간이 다르니 최신 법령을 기준으로 관리하세요.

▍나중에 법인으로 바꾸면 신고는 어떻게 되나요

개인으로 시작하신 분이 반드시 마주치는 질문입니다.

법인으로 전환하면 사업자등록번호와 신고 주체가 달라집니다. 개인 명의로 받아둔 판촉영업자 신고증을 법인이 그대로 쓸 수는 없습니다.

약사법 시행규칙에는 판촉영업자의 신규·변경·폐업·휴업·지위 승계 신고 절차가 각각 마련되어 있습니다. 개인 → 법인 전환이 이 중 어디에 해당하는지는 사례에 따라 갈리므로, 전환을 결정하기 전에 관할 보건소에 먼저 확인하시는 걸 권합니다.

확인증과 24시간 교육을 다시 받아야 하는지도 같이 물어보세요. 여기서 답이 갈리면 전환 일정이 통째로 달라집니다.

약사법은 계속 개정됩니다. 국가법령정보센터에서 시행일을 확인하고 보시는 게 안전합니다

법인 설립 절차 자체는 법인 CSO 설립 가이드에서 다뤘습니다.

▍처음 하시는 분들이 자주 걸리는 부분

간이과세로 등록했다가 세금계산서를 못 낸다

제약사 거래에는 세금계산서가 필요합니다. 등록할 때 과세유형을 확인하세요.

도매업 코드로 사업자등록을 한다

CSO는 판매대행 서비스업입니다. 업종코드에 따라 세무 처리가 달라집니다.

확인증 없이 보건소부터 간다

가장 흔한 경우입니다. 2시간 동영상을 봐야 나오기 때문에 당일 해결이 안 됩니다.

신고증도 없이 신규교육부터 듣는다

협회는 신고증 발급 이전 수강분을 인정하지 않습니다. 24시간이 통째로 날아갑니다.

확인증과 신규교육을 같은 걸로 안다

확인증 2시간은 신고하기 위한 조건, 신규교육 24시간은 신고증을 받은 뒤 받는 별도 과정입니다.

진단서 유효기간을 놓친다

3개월 이내 발급분이어야 합니다. 미리 받아뒀다가 기한이 지나 다시 받는 경우가 있습니다.

교육만 듣고 수료증 제출을 잊는다

수료증 발급일부터 1개월 이내에 보건소에 내야 완료됩니다.

지출보고서를 몰아서 정리한다

7월 20일 마감입니다. 그때 가서 자료를 찾으면 늦습니다.

▍정리하며

사업자등록(업종·과세유형 확인) → 확인증 발급 → 보건소 신고 → 신고증 수령 → 신규교육 24시간 이수 및 수료증 제출 → 위탁계약

이 순서를 지키고 각 단계에서 필요한 서류를 미리 챙기시면 크게 헤맬 일은 없습니다.

개인사업자로 시작하면 초기 비용은 10만 원 안팎, 기간은 한 달 정도 잡으시면 됩니다.

다만 보건소마다 세부 안내가 조금씩 다르고 법령도 개정될 수 있으니, 실제로 움직이시기 전에는 관할 보건소 공지사항을 한 번 확인하시는 걸 권합니다.

▍계약서와 정산 자료, 처음부터 정리해 두세요

혼자 시작하면 계약서는 메일함에, 정산 자료는 엑셀에, 증빙은 카드 명세에 흩어집니다. 거래처가 두세 곳만 늘어도 지출보고서 시즌에 자료를 찾아 헤매게 됩니다.

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